Takumi Otagaki - RNA Informatics Researcher

Journal Papers

• Otagaki T, Terai G, Asai K, Iwakiri J. 2025. "PseudoknotVisualizer: Visualization of pseudoknots on three-dimensional RNA structures. " PLoS Comput Biol 21(11): e1013693. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1013693
• Li Hongmin, Goro Terai, Takumi Otagaki, and Kiyoshi Asai. 2025. "Gradient-Based Optimization for mRNA Sequence Design." bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2025.10.22.683691
• Otagaki, Takumi, Hiroaki Hosokawa, Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Goro Terai, and Kiyoshi Asai. 2025. "LinearCapR: Linear-Time Computation of per-Nucleotide Structural-Context Probabilities of RNA without Base-Pair Span Limits." bioRxiv. bioRxiv. https://doi.org/10.64898/2025.12.26.696559

Conference Presentations

• 研究発表（ポスター発表） 太田垣 匠, 寺井 悟朗, 岩切 淳一, 山村 和照, 浅井 潔, "SHAPE反応性とループコンテクスト確率を用いた RNA 二次構造のエネルギーパラメータ推定", 第48回日本分子生物学会年会, 神奈川, 2025/12 (ポスター・資料ページ)
• 研究発表（ポスター発表, 口頭発表, 大会幹事）太田垣匠 (発表者), 浅井潔, “SHAPE反応性とループコンテクスト確率を用いた RNA 二次構造の予測 & エネルギーパラメータ推定 Prediction and Energy Parameter Estimation for RNA Secondary Structure Using SHAPE Reactivity and Loop-Context Probabilities”, TokyoBioinformaticsMeeting2025, 東京, 2025/11
• 研究発表（口頭, 査読なし）金指勇樹, 武田淳志, 鬼塚智大, 伊藤綾香, 磯貝龍邑, 太田垣匠 “Tree of Life は完成するのか？” 第17回生命情報科学若手の会年会, 兵庫, 2025/9, Best NGS 賞 受賞, スライド
• 研究発表（ポスター発表, 査読なし）太田垣匠 (発表者), “RNA構造の予測と解析”, 第17回生物情報科学若手の会年会, 兵庫, 2025/9
• 研究発表（口頭, 査読あり）太田垣匠 (発表者), “ループ構造を考慮した最⼤期待精度型 RNA⼆次構造予測⼿法 A Maximum Expected Accuracy-Based RNA Secondary Structure Prediction Method Considering Loop Structures”, 名古屋, IIBMP2025, 2025/9
• 研究発表（ポスター発表, 査読あり）太田垣匠 (発表者), “ループ構造を考慮した最⼤期待精度型 RNA⼆次構造予測⼿法 A Maximum Expected Accuracy-Based RNA Secondary Structure Prediction Method Considering Loop Structures”, 名古屋, IIBMP2025, 2025/9
• 研究発表（口頭, 査読なし）太田垣匠 (発表者), “RNA構造の予測と解析”, RNAインフォマティクス研究会2025, 長崎, 2025/8
• 研究発表（口頭, 査読あり）Takumi Otagaki (発表者), Kiyoshi Asai, “Optimization of RNA Inverse Folding using the differentiable McCaskill Algorithm and Base Pair Probability”, Asia & Pacific BioinformaticsJoint Conference 2024, 沖縄, 2024/10, 採択率 24.9 %
• 研究発表（口頭, 査読なし）太田垣匠 (発表者), “ncRNA配列の二次構造の確率分布における情報幾何学的特徴量の観察”, 第81回バイオ情報学研究会, 石川, 2025/3, プレゼンテーション優秀賞 受賞
• 研究発表（口頭, 査読なし）Takumi Otagaki (発表者), Goro Terai, Kiyoshi Asai, Junichi Iwakiri,“Visualizing Pseudoknots and Statistics on Pseudoknots”, Computational Approaches to RNA Structureand Function 2024, Spain, 2024/7 https://www.benasque.org/2024rna/talks_contr/019_benasque2024_PKvisualization_TakumiOtagaki.pdf
• 研究発表（口頭, 査読なし）Takumi Otagaki (発表者), Kiyoshi Asai, “Optimization of RNA Inverse Foldingusing the differentiable McCaskill Algorithm and Base Pair Probability”, Tokyo Bioinformatics Meeting2024, 神奈川, 2024/10
• 研究発表（ポスター発表, 査読なし） Takumi Otagaki (発表者) , Kiyoshi Asai, “Optimization of RNAInverse Folding using the differentiable McCaskill Algorithm and Base Pair Probability”, Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024, 沖縄, 2024/10
• 研究発表（口頭, 査読なし）太田垣匠 (発表者), 浅井潔, “Optimization of RNA Inverse Folding using thedifferentiable McCaskill Algorithm and Base Pair Probability”, RNAインフォマティクス研究会2024, 北海道, 2024/8
• 研究発表（ポスター発表, 査読なし）Junichi Iwakiri (発表者) , Takumi Otagaki, Kazuteru Yamamura, Shunsuke Sumi, Ikuo Kurisaki, Jiro Kondo and Kengo Sato, “Participation Report on RNA 3D structure prediction at CASP16: Usage and limitations of AlphaFold3”, Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024, 沖縄, 2024/10
• 研究発表（口頭, 査読なし）太田垣匠 (発表者), “Jax を用いたGPU活用コーディング”, RNAインフォマティクス研究会 2024, 北海道, 2024/8
• 研究発表（口頭, 査読なし）太田垣匠 (発表者),“45S rDNA 単位の多様性を集団から収集したロングリードで推定する”, RNAインフォマティクス研究会2023, 兵庫, 2023/8

Awards & Honors

• 日本学術振興会 特別研究員 DC1, 2026年4月1日～ 2029年3月31日
• 研究発表（口頭, 査読なし）金指勇樹, 武田淳志, 鬼塚智大, 伊藤綾香, 磯貝龍邑, 太田垣匠 “Tree of Life は完成するのか？”, 第17回生命情報科学若手の会年会, 兵庫, 2025/9, Best NGS 賞 受賞
• 研究発表（口頭, 査読なし）太田垣匠 (発表者), “ncRNA配列の二次構造の確率分布における情報幾何学的特徴量の観察”, 第81回バイオ情報学研究会, 石川, 2025/3, プレゼンテーション優秀賞 受賞 https://www.ipsj.or.jp/award/bio-award3.html
• 受賞 京都大学グローバルサイエンスキャンパスELCAS基盤コース第10期成果発表会, 京都, 2018, “大腸菌から特定のタンパク質を精製する”, 生物学分野, プレゼンテーション賞 https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/news/2018-03-09-0
• 受賞 第7回科学の甲子園全国大会 兵庫県立神戸高校代表, 筑波, 2018/3, 生物部門 全国第2位（ケニス賞）、総合成績 全国第7位 https://www.jst.go.jp/pr/info/info1307/besshi2.html
• Casp16 RNA Dojo チーム : Junichi Iwakiri, Takumi Otagaki, Kazuteru Yamamura, Shunsuke Sumi, Ikuo Kurisaki, Jiro Kondo and Kengo Sato, 16th Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) RNA 予測部門, 2024/5 ～ 2024/8, 全62チーム中 30位 https://predictioncenter.org/casp16/docs.cgi?view=groupsbyname

学生自主ゼミ

• バイオ算 東京大学の生物情報科学を専門としている大学院生を中心とした会で、月に2回ほど集まって勉強会を開いています。 興味がある方はご連絡をください^^

スポーツAI

• データ駆動でサッカー解析 サッカーの tracking AI を用いて、試合の動画から毎秒ごとの選手の位置を割り出し、失点パターンや得点パターンなどのクラスタリングを実施。

コンペティション

• Kaggle 不定期で参加。友人と取り組んでいる。kaggle を通して新しい技術を学んでいます。
• Atcoder たまに取り組んでいます。

研究会

• TokyoBioinformaticsMeeting 2025年11月に開かれた TokyoBioinformaticsMeeting2025 の大会幹事を務めました.
• 生命情報科学若手の会 スタッフとして加入しました。若手研究者界隈を盛り上げられるよう、尽力します。

GitHub Projects

研究で開発したソフトウェアやツールについては、GitHubをご覧ください。